Ochrana vod
Samotný proces výroby páry (a následně elektřiny) znečištění vod neprodukuje. Znečištění produkují pomocné technologie, především úpravna přídavné vody, která musí z říční vody odstranit veškeré mechanické a biologické znečištění a dále všechny rozpuštěné soli. Teplárna České Budějovice, a. s. provozuje celkem tři vypouštěcí objekty odpadních vod.
Zneutralizované odpadní vody, obsahující zahuštěné zachycené soli a kaly z regenerací ionexů, jsou homogenizovány a řízeně vypouštěny do veřejné městské kanalizace za úplatu na základě povolení a smlouvy se správcem kanalizace Čevak, a.s. Vypouštění probíhá automaticky tak, aby nebyly překročeny objemové limity okamžitého průtoku, všechny hodnoty odtoku z nádrže jsou monitorovány a trvale zaznamenávány. Kromě objemových limitů musí být dodrženy i vybrané limity jakostní (např. pH, Fe, Cl–, SO42-, Zn, Hg), přitom ostatní ukazatele a jejich limity uvedené v kanalizačním řádu veřejné kanalizace jsou v platnosti. Kontrola jakostních znaků se provádí minimálně 1-krát měsíčně.
Pro potřebu průtočného chlazení turbín odebírá teplárna z Mlýnské stoky (rameno řeky Malše) surovou vodu, která se před samotným chlazením upravuje mechanickou filtrací. Po průchodu turbínou a využití efektu chlazení se většina těchto oteplených vod zpětně využívá. Malý přebytek chladících vod (zvláště v letních měsících) je vypouštěn zpět do toku. Zde se vypouštění řídí platným vodoprávním povolením. Vypouštění je trvale měřeno ověřeným měřidlem průtoku (samozřejmě včetně kompletní archivace naměřených hodnot), parametry znečištění jsou kontrolovány jednak ve vlastní laboratoři, a dále dle platného povolení externí akreditovanou laboratoří (provádí si i vlastní odběr vzorku) v četnosti 4-krát ročně.
Průsakové vody z hrázového drenážního systému odkaliště Hodějovice jsou čerpány buď nazpět do odkaliště anebo jsou odpouštěny do Hodějovického potoka (opět dle vodoprávního povolení). Měření okamžitého průtoku je nepřetržité, provádí se ověřeným měřidlem. Charakter těchto vod je trvale a podrobně sledován, stejně jako podzemní voda v okolí odkaliště. V závěru každého roku je externí odbornou organizací vydávána zpráva, tzv. Režimní sledování chemismu vod v okolí odkaliště, ve které jsou uvedeny výsledky kontrolních chemických rozborů vod a ostatní skutečnosti, které byly při průběžném sledování za uplynulý rok zaznamenány.
Všechna zmíněná vodoprávní povolení jsou součástí tzv. Integrovaného povolení a podléhají kromě složkových zákonů i zákonu o integrované prevenci.
Integrovaná povolení jednotlivých právních subjektů lze nalézt na této adrese – http://www.mzp.cz/ippc